質粒提取常見問題分析
1、未提取到質粒kDNA或質粒DNA產量低
可能的原因:培養基中未加入抗生素
建議解決方法:請確保固體、液體培養基中都加入了適當的抗生素,避免非質粒轉化細胞過度生長。
可能的原因:細菌培養時間過長
建議解決方法:將接種過夜培養板的新鮮單菌落,加到含有合適抗生素的培養基中培養12-16小時,避免培養時間過長導致老化細菌裂解。
可能的原因:細菌培養時間過短
建議解決方法:細菌培養到[A600]吸光值為2~4小時才收集菌體,避免培養時間過短導致細菌濃度過低。
可能的原因:質??截悢档?/span>
建議解決方法:建議使用高拷貝數質粒,地拷貝數質粒應該適當加大處理體積。
可能的原因:細菌細胞裂解不完全
建議解決方法:使用建議的菌體處理量處理菌體;渦旋或者吹打,確保菌體充分重懸于溶液P1中;確保加入了裂解液P2。
可能的原因:分光光度計定量不準確
建議解決方法:分光光度計進行產量定量結果常常偏高,可使用瓊脂糖電泳/EB染色方法進行定量。
可能的原因:漂洗液WB中未加無水乙醇
建議解決方法:漂洗液WB中加入指定量無水乙醇,使質粒DNA吸附于硅膠基質膜上。
可能的原因:核酸酶含量及活性高
建議解決方法:使用去蛋白液PE去除核酸酶。
2、質粒DNA有缺口或者電泳上超螺旋帶前出現變性質粒帶
可能的原因:裂解步驟時間過長
建議解決方法:裂解時間不要超過5分鐘。
3、質粒DNA純度不高
可能的原因:混雜有基因組DNA污染
建議解決方法:做裂解操作時輕柔的顛倒混勻,不要渦旋或者劇烈震蕩。
可能的原因:產物中含有RNA污染
建議解決方法:第一次實驗前確保將RNase A加入了溶液P1;P1溶液超過3個月的,可加入一些新RNase A在溶液P1;處理量不要過量;菌體重懸于P1溶液后可放置幾分鐘讓RNase A充分起作用后再繼續實驗。
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