區別于拓撲克隆、 TA 載體克隆和酶切克隆等常規克隆方法，無縫克隆技術可在重組酶的作用下，只需一步反應，便可將片段克隆到任何載體中的任意位置得到重組質粒。通過設計同源重組臂（15-25bp）,可將單一片段定向克隆至載體任意位置，最終得到無缺口閉環質粒。