1. 克隆測序時出現峰形重疊

? ? 原因：所挑選的重組子不是單克隆，所提供的測序用質粒中含有兩種以上插入片段不同的質粒；或是是送測序的菌液污染。

? ? 解決方法：重新挑單克隆的菌落（劃線分離單菌落），提質粒或送菌液再次測序。

? ? 在峰圖上常表現為左邊清晰干凈，右邊雙峰且信號比左邊的低一倍。峰圖如下：

2. PCR產物測序時出現重疊峰

? ? 主要分為三種情況：

? ? 第一種情況：模板中有堿基缺失，往往是單一位點或多個位點堿基缺失導致測序結果移碼（如圖1和圖2）。

? ? 解決方法：將PCR產物克隆到質粒（如T載體）中挑單克隆測序，或將PCR產物進行PAGE純化（至少瓊脂糖充分電泳后切膠純化）后再進行測序。

圖1

圖2

? ? 第二種情況：PCR產物不純，含部分序列一致的兩種以上的片段，長度不一。

? ? 解決方法：主要原因是PCR產物沒有純化，含有部分序列一致的兩種以上長度不一的片段，將PCR產物進行PAGE純化（至少瓊脂糖充分電泳后切膠純化）后再進行測序，便可解決。

? ? 第三種情況：測序引物有堿基缺失

? ??測序引物有堿基缺失（一般是引物的5'端缺失），和模板的堿基缺失有些類似，所不同的是模板堿基缺失一般是在一段正常測序序列后才出現移碼，而引物堿基缺失的話，則從測序一開始就出現移碼，表面在圖形上便是一開始就是嚴重的峰形重疊。

? ? 解決方法：重新合成引物，或將引物進行PAGE純化。

3. 整個峰圖噪音比較高

? ? 原因：a. 引物特異性不好 b. 模板加量不合理。

? ? 解決方案：重新設計引物或者調整模板量。下面圖A和圖B都是同一模板，不同引物的測序列結果對比。

圖A

圖B

4. 測序無信號

? ? 原因：模板上無引物結合位點。

? ? 解決辦法：重新核對引物，重新設計或者合成引物。

5. 釘字峰

? ? 原因：毛細胞管內有氣泡、灰塵、尿素結晶，對激光全反射造成的。

? ? 解次方案：重新對樣品做反應毛細電泳。